検索　第拾四話「ゼーレ、魂の座」　ＭＥＧＡ
人類補完委員会の招集を受けたゲンドウは、本部に使徒が侵入したことを否定する。ネルフ本部では、パイロットと機体との相互互換試験が行われていた。しかし突然、零号機からシンジへの精神汚染が発生し、零号機は暴走してしまう。憎しみをぶつけるようにモニター室を殴る零号機。その目標はレイなのか、それとも……。


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検索　第拾伍話「嘘と沈黙」　ＭＥＧＡ
かつての恋人・加持に対し、ミサトは今も複雑な感情を抱いていた。父への思いと恋人の想いを整理しきれずに悩むミサトを、加持は優しく受け止める。だがミサトは、加持がネルフに所属していながらネルフを内偵していることを知っていた。加持はミサトをセントラルドグマへと導く。そこでミサトが目にしたものは……。


検索　第拾六話「死に至る病、そして」　ＭＥＧＡ
第拾弐使徒レリエルは、内部にディラックの海と呼ばれる虚数空間を持っていた。油断していたシンジは、初号機ごと使徒の内部に取り込まれてしまう。ミサト達は外部から救出を模索する。一方、シンジは生死の境目を漂いながら、もう一人の自分との自問自答を繰り返していた。果たしてシンジは生還できるのか？


検索　第拾七話「四人目の適格者」
米国のネルフ第2支部はS2機関実験中のEVA四号機と共に消滅した。EVA参号機は日本のネルフ本部にて起動試験が行なわれる事となる。マルドゥック機関により、新たに選ばれる専属パイロット…フォースチルドレン。逡巡するミサト、何も知らないシンジ。そして“彼”は……。


検索　第拾八話「命の選択を」　ＭＥＧＡ
米国からEVA参号機が日本に到着、ミサト達は起動試験のため松代に向かう。シンジ、レイ、ヒカリそしてトウジはそれぞれの思いを胸に前日を過ごす。試験開始直後、参号機は暴走し、使徒に寄生されている事が判明する。ゲンドウは参号機を第拾参使徒と認定、シンジたちに殲滅を命じるのだった。


検索　第拾九話「男の戰い」
ゲンドウの冷徹さに怒るシンジは、EVAを降りる決意を固める。第3新東京市を去ろうとするシンジ、その時襲来する第拾四使徒。それは圧倒的な力でネルフ本部を蹂躪し、迎撃する弐号機、零号機をも葬り去る。爆炎と悲鳴の中、シンジは一人の男と出会う。


検索　第弐拾話「心のかたち人のかたち」
初号機とのシンクロ率が400％に達したシンジは、戦闘後もEVAから降りることはなかった。彼の肉体はLCLと融合してしまったのだ。自己との対話を続ける“彼”は何を願うのか？　EVAに取り込まれたシンジを救出すべくリツコ達によるサルベージ作戦が計画される。


検索　第弐拾壱話「ネルフ、誕生」　ＭＥＧＡ
ゲンドウの独断先行を憂慮するゼーレは、冬月を誘拐し詰問する。軟禁状態の中、冬月の脳裏にすべての始まりとも言える1999年のユイやゲンドウとの出会い、そして、2000年のセカンドインパクト、さらにネルフ誕生等、現在に至る出来事が走馬灯のように甦る。


検索　ＭＥＧＡ第弐拾弐話「せめて、人間らしく」
異常なまでのシンクロ率の低下を一番深刻に受け止めているのはアスカ自身だった。彼女の頭にフラッシュバックする幼き日の残酷なる記憶。自分の存在意義を賭し、使徒迎撃に出撃するアスカ。しかし、沈黙したままの弐号機に、そのプライドは完全に打ち砕かれる。


検索　第弐拾参話「涙」　ＭＥＧＡ
新たなる使徒の迎撃に出撃したレイは、肉体と精神を侵食されてしまう。その救出のため、ゲンドウは委員会の凍結命令を破り、初号機を起動させた。しかし、シンジもまた使徒によって侵食されそうになった。その時、レイは自分自身の意志によって、ある決断をする。


検索　第弐拾四話「最後のシ者」
フィフスチルドレンとしてやってきた少年、渚カヲル。彼は、シンジに対し好意を示す。戸惑いながらもシンジは彼を唯一語り合える存在として意識する。しかし、カヲルはゼーレによって遣わされた存在であった。シンジは過酷な選択を迫られる。


検索　第弐拾伍話「終わる世界」
信じる者に裏切られ、全てを失ったシンジは、己の心の深淵を覗き込む。彼は、その深き闇の中で、自らの存在理由を自問する。果たして彼の心の舞台に現れしものは何か？　全てを拒絶し、自己の存在すら危うい少年に、救いの手はあるのか？　現実が、世界が、心の闇の中で急速に閉じてゆく……。


検索　第弐拾六話「世界の中心でアイを叫んだけもの」（最終回）
欠けたヒトの心を埋める。それが人類補完計画の真実なのか？　シンジは自己の内宇宙を漂い、己の不安と向き合う。全ての世界は一人の少年の心が産み出した幻影なのか？　自己の安息を願う少年は、可能性の世界の存在を知る。心の旅の果てにシンジが見たモノとは？