超大国ブリタニア帝国に占領された日本＝エリア11。そこに生きる二人の少年、ルルーシュとスザク。「ギアス」の力を手に入れ、世界を壊そうとするルルーシュ。ナイトメアフレーム「ランスロット」を操り、世界に理想と真実を求めるスザク。二人の対照的な生き方は、やがて帝国を揺るがす大きなうねりとなっていく。
1話「魔神が生まれた日」
ブリタニア帝国の属領となり、エリア11と呼ばれる日本。
ブリタニア人の学校、アッシュフォード学園に通うルルーシュは、シンジュクゲットーでテロリストとブリタニア軍の戦いに巻き込まれ、ブリタニア軍に所属する旧友の枢木スザクと再会する。
だが二人の前にある少女が現れ悲劇は起きた。ブリタニア軍から少女とルルーシュを庇おうとしたスザクが、銃で撃たれてしまったのだ。悲嘆するルルーシュに、少女はある能力を授ける。
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2話「覚醒の白き騎士」
シンジュクゲットーに現れたテロリストの中に、アッシュフォード学園の生徒であるカレンの姿があった。カレンたちをブリタニア軍の包囲網から逃そうとするルルーシュ。謎の少女から授かった能力を使ってブリタニア軍のナイトメアを奪い、カレンたちに指示を与えていく。そこに、見慣れぬ嚮導兵器ランスロットが現れる。
他の機体と違い、戦闘能力の高いランスロット。搭乗しているのは、先の地下鉄構内で撃たれたスザクだった。


3話「偽りのクラスメイト」
第三皇子クロヴィスのもとから、アッシュフォード学園に戻ったルルーシュ。そこで、テロリストの一味であるカレンと対面する。
カレンはルルーシュを、先の戦闘で自分たちを指揮した声の主ではないかと疑う。正体を知られてはいないかと探り合う二人。
ルルーシュはギアスの力を使って、カレンを欺くことに成功する。
その頃、クロヴィス皇子殺害の報道がなされる。犯人として捕らえられたのは、枢木スザクだった。


4話「その名はゼロ」
シンジュクゲットーで窮地から救ってくれた謎の男と再会を果たすカレン。ゼロと名乗るその男の正体は、ルルーシュだった。
ゼロはカレンたち数名の力を借りて、クロヴィス皇子殺害容疑で軍事法廷に向かうスザクを救おうとする。大勢のブリタニア人が見守る中、自らがクロヴィス皇子殺害の犯人であると名乗り出るゼロ。謎の少女から与えられた力でスザクを解放させる。だが、スザクはそれを拒み軍事法廷へ向かうと言う。


5話「皇女と魔女」
ゼロを捕らえるため本格的に動き出すブリタニア軍。その頃、ルルーシュはアッシュフォード学園内の自室で、C.C.と再会する。彼女はルルーシュにギアスという不思議な能力を与えた少女だった。当惑するルルーシュを気にも留めず、C.C.はルルーシュの自室に居座ってしまう。一方、釈放されたスザクはユフィという女性に出会う。ユフィをシンジュクゲットーに案内したスザクは、そこでブリタニア軍純血派同士の戦闘に巻き込まれる。


6話「奪われた仮面」
アッシュフォード学園にスザクが転入してきた。生きて再会を果たすことができたルルーシュとスザク。だが、クロヴィス皇子殺害の容疑者であったスザクを、ブリタニア人のクラスメイトたちは歓迎しない。そのような中、ルルーシュの身に一大事が起きる。自室に隠し持っていたゼロの仮面を奪われてしまったのだ。犯人を追うルルーシュ。その動きを怪しんだミレイたち生徒会メンバーは、全校生徒を総動員して犯人探しをする。


7話「コーネリアを撃て」
サイタマゲットーに潜伏するテロリストの掃討作戦に出るコーネリア。先の戦闘、シンジュク事変に酷似する作戦を展開し、ゼロをおびき寄せることが真の狙いだった。コーネリアの罠だと知りつつも、ゼロとしてサイタマゲットーに向かうルルーシュ。ギアスの力でサザーランドを奪取、ブリタニア軍を後退させるが、それはコーネリアの罠だった。ゼロの指揮下、壊滅していくテロリストの部隊。ルルーシュも投降を余儀なくされる……。


8話「黒の騎士団」
河口湖畔のホテルで、日本解放戦線のメンバーが人質を取り立てこもる事件が発生。人質の中にはアッシュフォード学園の生徒会メンバーと、ブリタニア帝国第三皇女ユーフェミアの姿があった。ユーフェミアを救うとコーネリアに宣言したルルーシュは、カレンたち「黒の騎士団」を率いて人質救助に向かう。しかし、ルルーシュはユーフェミアと対面すると、彼女に銃口を向けるのだった。そこへスザクの乗るランスロットが突撃する。


9話「リフレイン」
弱者の味方として活動を展開していく黒の騎士団。イレヴンの間では英雄扱いとなるが、カレンもまた世の中を変えるために、ゼロは必要だと感じていた。カレンはイレヴンとブリタニアのハーフだが、その複雑な家庭環境からブリタニアを憎むようになっていた。そのような状況下、世直しの一環で、イレヴンの間で蔓延しているという薬物「リフレイン」の密売現場に潜入する黒の騎士団。カレンはそこである人物の姿を見る。


10話「紅蓮舞う」
日本解放戦線の本拠地があるという成田連山に、コーネリア率いるブリタニア軍が奇襲をかける。その情報を手に入れたルルーシュは、黒の騎士団を率いて成田連山へと向かう。コーネリアの攻撃に、壊滅していく日本解放戦線の部隊。多勢に無勢、勝ち目はないと脅える黒の騎士団のメンバーを鼓舞し、ルルーシュはこの戦争で奇跡を起こすと宣言。コーネリアのもとへ、日本初のナイトメア紅蓮弐式を出撃させる。


11話「ナリタ攻防戦」
ナリタ連山でコーネリア部隊を孤立させることに成功した黒の騎士団。ルルーシュはついにコーネリアの懐に飛び込み、投降を命じる。だが、命をかけて戦う覚悟を見せるコーネリア。スザクの操るランスロットの猛襲に、戦況は一転、黒の騎士団は撤退を余儀なくされる。ゼロを追うスザクだが、C.C.の未知なる能力に行動を封じられてしまう。C.C.の力で脳内が浸食されるスザク。悪夢のようなイメージの中、亡き父親と対面する。


12話「キョウトからの使者」
思い切ってルルーシュをデートに誘うシャーリー。だが、ルルーシュは黒の騎士団メンバーとともに「キョウト」の代表と対面するため、富士鉱山へ向かっていた。キョウトの代表は、ゼロの素性を問いただす。一方、シャーリーを思わぬ悲劇が襲う。


13話「シャーリーと銃口」
ナリタでの戦闘によって、起こったとある事実がルルーシュやカレンの心を苦しめる。信念を貫きブリタニアと戦っていく決意をするルルーシュは、黒の騎士団を率いてコーネリア軍へ向け出撃する。スザクの操るランスロットと一騎打ちとなるが、その最中、居るはずのないシャーリーの姿を見るルルーシュ。シャーリーは、ある人物からルルーシュと黒の騎士団の関わりを指摘され、ルルーシュを追ってきたのだった。