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第14楽章「鏡の中の少年」
久遠の覚醒を知ったヘレナは、久遠の財団への移管を決定した。一方、新戦力・ヴァーミリオンのテストの中で八雲と口論になったエルフィ。それを立ち聞きした綾人は、自分にムーリアン反応があることを知る。その時ドーレムが襲来し、D1警報が発令される。ヴァーミリオンで迎撃に出るエルフィだったが…。

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第15楽章「子供たちの夜」
幼少時代、広い屋敷で共に暮らしていた一色、樹、ヘレナ。ある日、一色は犬の大きさほどの生きた泥人形を見つける。その生き物は一色になつき、触れると澄んだ音色を響かせた。両親を知らない一色は、樹を誘って屋敷を抜け出そうと地下回廊を進むが、その途中で泥人形が一斉射撃を受ける現場に出くわしてしまう。



第16楽章「他人の島」
恵はTERRA正式採用のため、ラーゼフォン逃走を想定したテストをしていた。自分の正体を知った綾人は亘理長官に食ってかかり、久遠はバーベム財団への移管を目前に周囲に別れを告げて回る。遙や恵、七森たちを含め、ニライカナイに住む人々の何かが確実に変わろうとしていた中、綾人は久遠から意外な依頼を受ける。



第17楽章「迷宮への帰還」
東京を目指し、ラーゼフォンで飛んだ綾人と久遠。一色はヴァーミリオンでの迎撃をエルフィに命じるが、エルフィは無断でコックピット内に遙を同乗させる。ラーゼフォンに追いついたエルフィと遙だが、量子回廊を開いたラーゼフォンは、綾人と久遠を乗せたままTOKYO JUPITER内へと消える。



第18楽章「青き血の絆」
TOKYO JUPITER内に潜入した遙とエルフィは、神名家を監視する。母・麻弥と再会した綾人は身体に変調を起こし、呼応するようにラーゼフォンが街で暴れ始める。綾人にムーリアンたちの正体を告げようとする麻弥。その時、バーベム島の黒い卵が東京の病院に横たわる久遠の歌声に呼ばれ、量子分解を始めた。



第19楽章「ブルーフレンド」
撃たれた浩子を連れてTOKYO JUPITERから脱出した綾人。ラーゼフォンを湖底に隠した綾人は、浩子と2人で逃避の旅に出る。自分の青い血に怯え、綾人にすがりつく浩子。とある街のホテルに潜伏した綾人は、浩子との生活のため肉体労働で金を稼ぐ日々を送る。だが、その足取りは弐神に追われていた。



第20楽章「綾なす人の戦い」
ニライカナイに連れ戻された綾人。TERRAでは功刀が更迭され、一色が新司令官に着任していた。そんな中綾人は、ハルカ少尉と名乗る玲香そっくりの情報解析士官に出会う。六道家に戻った綾人の前には、東京にいたはずの守が現れ、遙は綾人保護のため一色の腹心となる。不穏な空気の中、新たなドーレムが接近してきた。



第21楽章「ゼフォンの刻印」
6機のT・Jバスターを使ってTOKYO JUPITERの絶対障壁を消滅させるというダウンフォール作戦が、一色によって発令された。一色に協力を迫られた綾人は、考える時間を与えられて、小夜子や樹と会う。その頃、六道家にかくまわれていた守は、優しく接してくれていた恵に対して態度を豹変させる。



第22楽章「木星消滅作戦」
六道家で描いていた綾人の絵が完成した時、玲香が姿を現した。彼女はイシュトリ…オリンを完全なるヨロテオトルへと導く者であった。バーベム島でピアノを弾いていた久遠の前にもイシュトリが出現し、ついに黒い卵が割れていく。一方、東京の絶対障壁は完全に消滅、ダウンフォール作戦は成功したかに見えたのだが…。



第23楽章「ここより永遠に」
TOKYO JUPITERは消滅した。だがその結果、世界各地にMUの空中都市が出現・増殖し、ラーゼフォンは次元卵に回帰してしまう。ニライカナイの全島民を艦隊に移乗させ、撤退を開始するTERRA。リーリャ・リトヴァクの避難民の中にいた綾人は船上で玲香と再会し、気付くと2人は時の祠の前に佇んでいた。



第24楽章「調律への扉」
MUとしての使命に目覚めた久遠はヒラニプラへと赴いた。TERRA船隊が連合の補給基地で民間人を下船させる中、八雲は出撃の意志を固める。樹は遙に奏者オリンの秘密を明かそうとしていた。そして、バーベム財団から支援物資として、新たに6機の黒いヴァーミリオンがヘレナ達とともに到着する。



第25楽章「神の不確かな音」
太平洋上にMUのドーレム群が出現、地球連合艦隊と交戦する。光に包まれるラーゼフォンの中で、綾人の意識はまだ完全に目覚めていなかった。浩子を殺された恨みを込めて、ラーゼフォンから奏者の座を引きずり出す守のドーレム・オブリガード。だが、そこに綾人の姿はなかった。その瞬間、太平洋に少年の唄声が響き渡る。



最終楽章「遙か久遠の彼方」
大海原が終末の様相を見せる中、綾人と久遠はどことも知れぬ世界で対話をしていた。天空では、世界の真実の心臓となった2体の真聖ラーゼフォンが波動を放ち、戦いを続けていた。だが、綾人の心は失った真実をいまだに取り戻せない。