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第1楽章「首都侵攻」
東京の高校生・神名綾人は、試験会場に向かう途中、突如上空に現れた謎の航空部隊の攻撃に遭遇した。公安を名乗る青い血の男たちに拉致されそうになった綾人は、謎の女性・紫東遙に救われるが、彼女にまで銃を突きつけられる。混乱した綾人は、不思議な少女・玲香に導かれるようにして、地下神殿にたどりつく。
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第2楽章「神人目覚める」
卵から出現したラーゼフォンと意識が同調した綾人。ドーレムという謎の兵器と戦闘機の間に割って入ったラーゼフォンは、強大な力を発揮する。全ては消失し、またいつもの日常が戻る。だが「真実を見せる」という言葉に従って遙とVTOLで東京を脱出しようとした綾人は、再び玲香に導かれてラーゼフォンと同調する。



第3楽章「二人の街」
攻撃されたラーゼフォンは綾人と同調し、ドーレム・フォルテシモを粉砕、「回廊」を作って飛び去った。外から故郷を見た綾人は、TOKYO JUPITERというものを目撃する。謎の存在MUに占拠された首都は不思議な膜に包まれ、住人は偽りの生活をしていた。しかも、膜の外部とは12年もの時間差が生じていた。



第4楽章「自分の時計」
TERRA特務航空母艦リーリャ・リトヴァクに収容された綾人は、不思議な少女・如月久遠を始めとして、多くの人々に出会う。ラーゼフォンはオーパーツとして特設輸送艦ユリシーズに移され、TOKYO JUPITERから来た綾人も監禁される。そこに、深海から新たなドーレム・グラーベが接近してくる。



第5楽章「ニライカナイ」
綾人のドーレム撃退によりラーゼフォンの連合への移送は中止、TERRAの本拠地・ニライカナイ島のネリヤ遺跡で運用されることになった。TERRAの一員として迎えられ、如月博士の案内で新しい家へと案内される綾人。そこは遙が妹の恵と同居している六道家であった。そこで過ごす時間の中で、綾人の心は開いていく。



第6楽章「消滅都市」
北海道函館市で、謎のオーロラ現象により地面の一部が突然沈下、消滅する怪現象が発生した。それは、キムの両親を殺したドーレムの仕業だった。父母が残したオルゴールに聞き入っていたキムは、その跡がMUの紋章を描いていたことから、ドーレムが声紋と同じパターンを描きながら移動していることを突き止める。



第7楽章「集まる日」
エルフィたち4人のパイロットがTERRA航空団α小隊として着任し、地球連合からは監察官の一色が送り込まれてきた。綾人はラーゼフォンでドーレムを迎撃してＤ１アリアに苦しむエルフィを救うが、それと引き替えにプラズマ発生雲に覆われて電撃を受ける。異常高温に包まれた奏者の座で、苦しむ綾人が見たものは…。



第8楽章「凍る聖夜」
南国の根来島に雪が降り、やがてそれは猛吹雪になった。樹からのプレゼントであるペンダントの結晶に取りつかれた七森はドーレムと同化し、全長500mの氷樹と化す。出撃したラーゼフォンの中で寒さに身を震わせる綾人。その時、奏者の座に玲香が現れ、綾人の手を取るのだった。



第9楽章「時の祠」
異常気象の続く中、暑い正月を迎えた根来島。海で玲香らしい人影を見た綾人は、久遠と共に入った祠の中で失踪してしまう。綾人を捜す遙に、その祠では38年前に2人の女の子が「逆神隠し」として突如出現したと告げる弐神。1週間後、綾人たちの捜索は打ち切られそうになるが、その頃綾人は祠の中で東京を目撃していた。



第10楽章「追憶のソナタ」
ラーゼフォンに搭乗する綾人は、α小隊と連携してドーレムを苦もなく倒せるようになっていた。ある日、功刀司令は私用で1日留守をすることになった。それは彼の特別な日だという。すると弐神から取材を迫られ、功刀はMUが突如襲来した日のことを思い出す。その日、彼は上官と激しい議論を繰り広げていた。



第11楽章「虚邪回路」
東京湾沖でドーレムの歌声を受けたラーゼフォンは、活動停止に追い込まれた。気がつくと、綾人は吉祥寺の雑踏の中にいた。東京に戻ったのかと思う綾人だが、再会した浩子と守にひどい違和感を感じ、街の中を逃げまどう。壊れた感覚から逃げられない綾人だったが、その時外部からの連絡が意外な方法で入ってくる。



第12楽章「黒い卵」
眠り続ける久遠に、変化の時が近づいていた。それを察したバーベム財団のヘレナは調査チームを差し向けるが、久遠はライフモジュール無しでベッドを離れ、失踪してしまう。その時、東シナ海に出現したドーレムをラーゼフォンで迎撃していた綾人のコックピットに久遠が現れ、綾人の手を取ろうとする。



第13楽章「人間標本第１号
人間標本とはTOKYO JUPITERから救出された者を指す。だが七森の調査では、その第1号はMU出現よりも前、1989年に登録されたという。それを知った遙は、MU襲来の日や樹との大学時代を思い出す中で何かに思い至り、時の祠へ行く。そこで弐神は、人間標本第1号のカルテを提供すると言い出す。